Hodnocení v rámci praxe CLIL, kdy se žáci učí obsah určitého předmětu v cizím jazyce, vyžaduje specifický přístup. Provázanost cílů a výsledků hraje při hodnocení výuky v CLILu stejně důležitou roli jako v jiném hodnocení, ale situaci komplikuje ještě jeden faktor, a tím je cizí jazyk. Ústředním principem hodnocení výuky metodou CLIL je problematika jazykových požadavků a jazykových rizik. Mezi konceptuálními (pojmovými) znalostmi a jazykovou úrovní je u žáků vždy nesoulad. Žák, který se učí předmět v dalším jazyce (L2)1, toho vždy ví více, než kolik je schopen vyjádřit. Při výuce CLILem se žáci, pokud pracují s autentickými texty2, musejí vyrovnat s mnohem vyššími vstupními (a pravděpodobně i výstupními) požadavky. Proto se musí při hodnocení brát zřetel právě na jazykový faktor, a to obzvláště (nikoliv výlučně) při testování. Jazyk nesmí být faktorem, který brání žákovi vyjádřit pojmy nebo prokázat dovednosti a postoje, které jsou výstupními cíli výuky. Jak uvádí Coyle (2010): „Učitel si při přípravě a plánování výuky uvědomuje, co chce naučit a jaký je obecný záměr výuky CLIL. Odpověď na otázku jazyka a obsahu je dána prioritou těchto cílů.“
Totéž platí i pro hodnocení v mateřském jazyce (L1), resp. ve vyučovacím jazyce, ale v mnohem menší míře. Právě proto je třeba zdůraznit, že v tzv. hard formě CLILu, kde se cíle vztahují primárně k obsahu, hodnotíme daný vzdělávací obsah (učivo), nikoliv jazyk. Tuto problematiku ještě více rozvineme v dalších podkapitolách. Avšak i v případě tzv. soft formy CLILu, kdy se cíle vztahují primárně k jazyku, můžeme trvat na tom, že testovat máme konceptuální obsah, nikoliv jazyk. I zde je jazyk jen prostředkem k vyjádření obsahu. Je pravděpodobné, že pokud žák bude postrádat dostatečné jazykové dovednosti, nebude úspěšný. K této problematice se ještě vrátíme, až se budeme zabývat otázkou, jak hodnotit jazyk jako součást konceptuálních a procesních cílů.
